A côté de la basilique St-Sernin, un bâtiment aux allures de palazzo florentin abrite le musée archéologique de la ville.

Ce bâtiment rectangulaire en brique est flanqué d'échauguettes décoratives et d'un crénelage, au-dessous duquel un faux mâchicoulis, d'où s'échappent des gargouilles, fait saillie. 

La façade sur jardin est percée de quatre fenêtres à doubles meneaux aux larmiers sur culots sculptés, et de trois portes dont celle du centre est ornée de deux anges présentant le blason de la famille d'Auxillon et celle de gauche d'un écusson gravé du monogramme du Christ et de l'Ave Maria.

Cet établissement abrite l'une des principales collections d'antiquités de France. 

Sa récente rénovation a permis de découvrir dans son sous-sol un ensemble archéologique d'un intérêt majeur : les vestiges d'une partie de la grande nécropole paléochrétienne qui s'était développée aux IV° et V° siècle autour du tombeau de Saturnin et ceux d'un rare four à chaux où disparurent nombre de sarcophages sculptés en marbre de ce cimetière antique.

Une belle série de sarcophages de ce type, propre au sud-ouest de la France, provenant presque tous de la nécropole de St-Sernin, est exposée dans ce lieu évocateur dont la visite complète celle de la basilique romane voisine. 

On y lira les premières images chrétiennes de la ville et admirera de splendides décors végétaux faits de vigne, d'acanthe et de lierre. 

Subsistent aussi dans ce lieu les murs des premières constructions de l'hôpital St-Raymond (XI° siècle) et du collège universitaire du même nom (XIII° siècle) entièrement reconstruit par le maître-maçon Louis Privat en 1523. C'est ce dernier édifice, classé Monument historique, qui abrite le musée depuis 1891.

Au deuxième étage revit l'antique Tolosa sur les vestiges de laquelle se dressent encore les plus vieux quartiers du centre de Toulouse. 

Amphores, services à vin, inscriptions en langue ibère, exceptionnels bijoux en or des Volques Tectosages parlent des origines de la ville. 

Conquise par les Romains dès 106 av. J.-C., elle a livré l'une des plus anciennes inscriptions latines de France (47 av. J.-C.) présentée ici. Les monuments élevés sous l'Empire romain ont laissé dans cette section d'éloquents témoignages de leur splendeur. La province romaine de Narbonnaise, dont Tolosa était l'une des villes principales, a fourni au musée des oeuvres de tout premier plan, comme l'exceptionnel groupe de portraits Julio-Claudiens de Béziers ou le Discobole de Carcassonne. Elle lui a également laissé quelques très beaux bronzes parmi lesquels se distingue un ornement de char extraordinairement ciselé représentant une panthère attaquant un cavalier.

Au premier étage est le plus grand ensemble de sculptures gréco-romaines découvert à ce jour dans le sol de la France, parmi les ruines de la villa de Chiragan à Martres-Tolosane (Haute-Garonne). 

Une première séquence est consacrée à l'architecture de ce véritable palais revêtu de marbre qui développait des centaines de pièces, portiques, cours et jardins sur une superficie de treize hectares. 

La suite des reliefs des Travaux d'Hercule manifeste le tempérament « baroque » et pergaménien d'un grand sculpteur actif au III° siècle. ap. J.-C.. 

Chiragan était aussi sous l'Empire un véritable musée où l'on avait réuni des répliques de la meilleure qualité des chefs-d'œuvre reconnus de la sculpture grecque classique. L'Athéna de Myron, la Vénus de Cnide et l'Eros de Centocelle de Praxitèle, dont les originaux ont disparu, peuvent être admirés à travers celles-ci au musée St-Raymond, parmi une profusion d'autres sculptures mythologiques (Pluton-Sarapis, Harpocrate, Isis en marbre noir, Enlèvement de Proserpine, jeune Bacchus ivre, etc.). 

La galerie des empereurs constitue la fin de ce parcours spectaculaire, avec la majeure partie des portraits sculptés apparus lors des fouilles de Chiragan. On y saisit tout le développement de l'art du portrait romain, de la fin du I° siècle av. J.-C. jusqu'au V° siècle ap. J.-C.

Au rez-de-chaussée, la grande salle du tinel (XVI° s.) reçoit les expositions temporaires du musée, largement alimentées par les trésors cachés de ses réserves (arts protohistorique, grec, chypriote, romain, du Haut Moyen Âge ; épigraphie et numismatique). 

Le musée St-Raymond est chargé de l'ouverture au public des principaux sites archéologiques de la ville (crypte de St-Pierre-des-Cuisines, amphithéâtre romain, thermes d'Ancely), mais aussi de la conservation et du gardiennage de la basilique St-Sernin, en collaboration avec le curé de la paroisse. 

Dans le jardin, on peut découvrir deux curieuses statues menhirs, le plus grand sarcophage romain découvert à Toulouse et l'armature du puits de la place du Capitole datant du XVI° siècle.

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