Le Musée est une émanation de la Société de Médecine Chirurgie et Pharmacie de Toulouse. Société savante fondée en 1801, reconnue d’utilité publique en 1853 et dont le siège est à l’Hôtel d’Assézat où en mai 1983, une première ébauche du "Musée d’Histoire de la Médecine" a été inaugurée. Par la suite, les locaux occupés ont du être restitués à la ville de Toulouse pour permettre l’installation de la Fondation Bemberg. Une convention entre le CHU de Toulouse et la Société de Médecine permet la mise à disposition de celle-ci pour le musée d’une superficie de 350 m² incluant l’ancienne Pharmacie, dans l’aile Viguerie du prestigieux Hôtel-Dieu Saint Jacques.

Les collections et objets présentés : tableaux, sculptures, instruments médicaux anciens, retracent l’Histoire médicale toulousaine vieille de plus de sept siècles, selon deux thèmes ; Histoire de l’enseignement de la Médecine et de la Chirurgie, Histoire des Hôpitaux toulousains et des soins. Le Professeur J.Ch. Auvergnat, secrétaire général de la Société de Médecine, initiateur et responsable de ce musée, a tenu à allier les aspects historiques, scientifiques et techniques aux aspects artistiques que l’art médical a su engendrer. Ceci permet à un large public de mieux appréhender l’évolution des concepts et la place de la Médecine dans la société au service des malades. Le souci a été également de conserver un patrimoine trop longtemps négligé et dispersé.

Dans chacune des salles une muséographie moderne et attrayante a été choisie.

La salle I au rez-de-chaussée est l’ancienne Pharmacie avec ses boiseries du XIX° siècle : mortiers, balances, collections de pots, ouvrages et livres anciens, peintures, restituent l’atmosphère et l’activité de l’époque.

La salle II dans le prolongement de la Pharmacie est consacrée à l’histoire des Hôpitaux de Toulouse et aux soins. Outre les outils du corps, maquettes, sculptures, autographes, documents et tableaux servent à l’illustrer.

La salle III, galerie permettant l’accès au sous-sol, présente quelques portraits de bienfaiteurs des hôpitaux de Toulouse peints par des artistes locaux, tels Roques, Cammas, Gamelin…

Sont également présentés à ce niveau quelques personnages d’origine toulousaine dont les noms sont restés vivants dans l’Histoire de la Médecine : Jean-Dominique Larrey, chirurgien de Napoléon, Philippe Pinel qui libéra les aliénés de leurs chaînes, ou Esquirol qui décrivit et fit illustrer divers aspects de la folie, ou encore Delpech ou Dieulafoy.

La salle IV en sous-sol, est consacrée à l’histoire de l’enseignement médical à Toulouse, vieux de sept siècles (1229) avec les vicissitudes de l’ancienne Faculté avant la Révolution de 1789, les efforts de renaissance de l’enseignement médical avec le rôle majeur transitoire de la Société de Médecine en 1801, puis l’École Impériale de Médecine et Chirurgie en 1807 et enfin en 1891 la nouvelle Faculté de Médecine et de Pharmacie inaugurée par le Président Carnot.

Depuis 1967 Toulouse est dotée de 2 Facultés de Médecine : Toulouse-Purpan et Toulouse Rangueil.

L’ensemble architectural que constitue l’Hôtel-Dieu Saint-Jacques sur la rive gauche de la Garonne ne pouvait que bénéficier de l’installation de ce Musée qui complète ainsi les magnifiques salles que sont la salle des Pèlerins, la salle Saint-Lazare dite des Colonnes, mais aussi la Chapelle de cet Hôpital.